司法机关在搜查过程中遇到阻碍时，可以依法进行强制搜查。以下是对此结论的详细阐述：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，进行搜查时，必须向被搜查人出示搜查证。但在执行逮捕、拘留的时候，遇有紧急情况，不另用搜查证也可以进行搜查。
   • 当遇到阻碍时，司法机关有权采取必要措施排除阻碍，确保搜查的顺利进行。这体现了搜查的强制性。

2. 处理措施：

   • 警告与制止：执行搜查的人员应首先表明身份和来意，并警告阻碍者其行为已涉嫌违法。对于轻微的阻碍行为，可以当场予以制止，并要求其配合搜查。
   • 强制带离现场：若阻碍者不听从警告，继续实施阻碍行为，甚至威胁到搜查人员的安全或妨碍了搜查工作的正常进行，可以采取必要的强制措施将其带离现场。
   • 依法追究法律责任：对于严重阻碍搜查工作、构成犯罪的行为，应依法追究刑事责任。

3. 程序要求：

   • 搜查应当严格按照法定程序进行，包括出示证件、说明理由、制作笔录等步骤，确保搜查的合法性和公正性。
   • 对于阻碍搜查的情况，应详细记录相关过程、阻碍者的行为表现以及采取的处理措施等信息，并及时向上级领导或相关部门报告。

4. 注意事项：

   • 在处理阻碍行为的过程中，要注意保护现场证据和搜查所得的证据材料，防止其被破坏或丢失。
   • 司法机关在采取强制搜查措施时，应确保动作的规范性，避免造成不必要的伤害或冲突。

综上所述，司法机关在搜查过程中遇到阻碍时，可以依法进行强制搜查，并采取必要的措施排除阻碍，确保搜查的顺利进行。同时，也应严格遵守法定程序，保护公民的合法权益不受侵犯。