讨要工程院款败诉后，您可以按照以下步骤进行处理：

一、仔细研究判决书

首先，您需要详细阅读并理解判决书的内容，明确败诉的具体原因以及您需要履行的义务。这是非常重要的一步，因为只有了解了败诉的缘由，您才能有针对性地采取后续措施。

二、判断判决是否有误

在仔细研究判决书后，如果您认为判决存在错误，比如事实认定不清、法律适用不当等，您可以在规定的上诉期限内向上一级法院提起上诉，请求重新审理案件。请务必注意上诉期限，以免错过上诉机会。

三、与原告协商还款计划

如果判决无误，且您需要履行付款义务，那么建议您主动与原告进行协商，共同制定一个合理的还款计划。通过协商达成和解，可以避免进入强制执行程序，减少双方的损失和麻烦。在协商过程中，您要坦诚地表达自身情况，提出可行的还款方案，并争取原告的理解和支持。

四、应对强制执行

如果无法与原告达成和解，原告可能会向法院申请强制执行。在这种情况下，法院会依法采取查封、扣押、拍卖等措施来实现债权。您需要了解并配合法院的执行工作，同时也要注意保留好相关证据和沟通记录，以便在必要时维护自己的合法权益。

五、总结与反思

无论最终结果如何，您都应该对这次诉讼进行总结与反思。分析败诉的原因，找出自身存在的问题和不足，以便在未来的业务合作中更加谨慎和规避风险。同时，也要吸取教训，加强合同管理、证据收集等方面的工作，提高自身的法律意识和风险防范能力。

总之，讨要工程院款败诉后，您需要冷静应对、积极处理。通过仔细研究判决书、判断判决是否有误、与原告协商还款计划、应对强制执行以及总结与反思等步骤，您可以更好地维护自己的合法权益，并减少不必要的损失和麻烦。