被害人对刑事生效判决申诉法院没有查清申诉事实，并不直接构成法院违法。具体分析如下：
一. 申诉的性质与流程
- 申诉的定义：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十二条，当事人及其法定代理人、近亲属，对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉。
- 申诉不停止执行：提出申诉并不能停止判决、裁定的执行，这是法律程序的一部分。
二. 法院查清申诉事实的义务
- 法院的职责：法院在收到申诉后，有义务对申诉进行审查，但这并不意味着法院必须完全按照申诉人的意愿或理解来查清事实。
- 查清事实的标准：法院在审查申诉时，会依据法律程序和证据规则来判断是否需要进一步查清事实，以及如何查清事实。
三. 申诉结果与法院违法性的关系
- 不构成违法：仅仅因为被害人申诉法院没有查清申诉事实，并不能直接认定法院违法。法院是否违法，需要依据具体的法律程序和证据来判断。
- 申诉处理：如果被害人认为法院没有妥善处理其申诉，可以进一步通过法律途径寻求救济，如向上级法院或检察机关反映情况。
综上所述，被害人对刑事生效判决的申诉，即使法院没有按其期望查清申诉事实，也并不直接构成法院违法。法院在审查申诉时，会依据法律程序和证据规则来作出判断。我建议被害人如果认为申诉未得到妥善处理，可以通过正当的法律途径继续寻求救济。如有进一步需要，您可以继续咨询我。