当发生追尾两台车但只赔付了一个的情况时，首先需要明确的是，赔付的责任和金额通常是根据交警部门出具的事故责任认定书来确定的。在多车追尾事故中，各方的赔偿比例会依据这份认定书来明确。
如果您已经为车辆购置了交强险和商业险，那么赔付的流程通常如下：
交强险赔付：
- 首先，会依照交强险的责任限额对涉案损失进行赔付。交强险的赔付通常包括死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿以及财产损失赔偿，但各项都有明确的限额。
商业险补充赔付：
- 如果交强险的赔付金额无法满足实际需求，那么余下部分会由商业险按照保险条款约定的标准予以补偿。这通常涉及商业第三者责任险，它会在交强险赔付不足时提供额外的赔付。
车主自担：
- 在交强险和商业险都赔付完毕后，如果仍有不足之处，那么这部分损失就需要由车主自行承担了。
针对您提到的“只赔一个”的情况，可能有以下几种原因：
- 事故责任认定：可能事故责任认定书中只认定了您对其中一辆车的损失负责，因此对另一辆车没有赔付责任。
- 保险限额：可能您的保险限额已经用完，无法再对第二辆车进行赔付。
- 赔付流程：有可能赔付流程还未完全结束，对第二辆车的赔付还在进行中。
为了解决这个问题，您可以采取以下步骤：
- 核实事故责任认定书：查看事故责任认定书中是否明确了对两辆车的赔付责任。
- 联系保险公司：与您的保险公司联系，了解赔付的具体情况和进度，询问为何只赔付了一辆车。
- 补充材料：如果保险公司需要额外的材料或信息来处理第二辆车的赔付，请尽快提供。
- 法律途径：如果您认为保险公司的处理不合理，可以通过法律途径来维护自己的权益。
总之，处理这类问题时需要耐心和细心，确保自己的权益得到妥善维护。同时，也建议在未来驾驶过程中更加小心谨慎，避免类似事故的发生。