针对“政府采购已过行政处罚时限怎么处理”的问题，首先我们需要明确一点：行政处罚时限是法律规定的对违法行为进行处罚的有效期限。如果过了这个时限，通常意味着不能再对该违法行为进行行政处罚。

在政府采购领域，依据《中华人民共和国政府采购法》、《中华人民共和国政府采购法实施条例》及《政府采购货物和服务招标投标管理办法》等相关法律法规，对于违反政府采购规定的行为，确实设定了多种行政处罚方式，如警告、罚款、没收违法所得与非法财物、列入不良行为记录名单与资格限制、暂扣或吊销许可证、执照等。然而，这些处罚方式的适用都受到法定时限的限制。

一旦超过行政处罚时限，相关部门通常不能再对违法行为进行直接的行政处罚。但这并不意味着违法行为就没有任何后果。在某些情况下，违法行为可能会被记录在案，作为未来评估、审查或监管的参考。此外，虽然不能直接进行行政处罚，但相关部门仍可以采取其他措施来维护政府采购市场的公平、公正和秩序，比如加强监管、提高透明度、完善制度等。

对于政府采购当事人来说，即使过了行政处罚时限，也应该认真对待自己的违法行为，积极采取措施进行整改和纠正。因为违法行为不仅可能影响自身的声誉和信誉，还可能对未来的业务和发展产生不利影响。

综上所述，政府采购已过行政处罚时限时，相关部门不能再进行直接的行政处罚，但可以通过其他方式来维护市场秩序和公共利益。同时，当事人也应该自觉纠正违法行为，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、公正、透明的政府采购环境。