破坏计算机信息系统罪的违法所得不包括成本在内。

在破坏计算机信息系统罪中，违法所得是指行为人通过实施破坏行为而直接获得的非法利益，它应当是基于删除、增加、修改等行为本身所产生的违法所得，而非通过这些行为将他人的财物转为自己所有，也不包括行为人为实施破坏行为所投入的成本。这是因为，破坏计算机信息系统罪重在强调对计算机信息系统的破坏行为及其后果，而违法所得的计算应当与这一破坏行为直接相关。

例如，如果行为人通过非法侵入计算机信息系统并删除数据来获利，那么其违法所得应当是删除数据行为本身所获得的利益，而不是其为了实施这一行为所购买的工具、设备或支付的其他费用。这些成本是行为人为了实施犯罪而投入的，不应计入违法所得之中。

因此，在计算破坏计算机信息系统罪的违法所得时，应严格区分行为人的直接获利和其行为成本，确保违法所得的准确认定，以维护法律的公正和权威。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律解释，请直接向我咨询。