用人单位在签合同的情况下停职留薪，其合法性需结合具体情况来判断。以下是详细的分析：

1. 法律法规基础：

   • 《中华人民共和国劳动法》及相关规定并未直接对“停职留薪”作出明确规定，但强调了劳动合同的履行和变更应遵循平等自愿、协商一致的原则。
   • 部分地区可能出台了关于停职留薪的具体政策或指导意见，允许企业在特定情况下与员工协商停职留薪，并明确双方的权利和义务。

2. 合法性条件：

   • 双方协商一致：停职留薪必须建立在用人单位与劳动者协商一致的基础上，任何一方不得单方面决定。
   • 符合法律法规：停职留薪的安排不得违反国家法律法规的强制性规定。
   • 明确约定：双方应明确停职留薪的期限、工资待遇、社会保险缴纳等事项，以保障双方的合法权益。

3. 实际操作中的考虑：

   • 如果停职留薪期间劳动关系处理不当，可能导致劳动争议和法律纠纷。因此，建议用人单位在与员工协商停职留薪时，务必签订书面协议，明确相关事项。
   • 停职留薪期间，员工通常不享受正常工资待遇，且社会保险可能由个人承担或由双方协商处理。这需要在协议中明确约定，以避免后续争议。

4. 结论：

   • 在符合法律法规、双方协商一致，并明确约定相关事项的前提下，用人单位在签合同的情况下停职留薪是合法的。
   • 为避免潜在的法律风险，建议用人单位在采取停职留薪措施时，务必谨慎操作，并咨询专业律师的意见。

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