不能进行司法确认的案件主要包括以下几类：
涉及身份关系的案件：
- 这类案件包括婚姻关系的解除、收养关系的成立等，这些关系的确认和变更需遵循特定的法律程序和条件，不能通过司法确认程序来处理。
- 例如，甲与乙协商解除婚姻关系，但未办理法定离婚手续，直接申请司法确认解除婚姻关系的协议，法院将不会受理。
涉及国家利益、社会公共利益的案件：
- 这类案件如环境污染、国有资产流失等，涉及广大人民群众的福祉和国家整体利益，需由专门国家机关或法律授权的组织处理，不能通过司法确认来解决。
- 例如，某企业与其他主体达成污染环境且损害社会公共利益的协议，不能申请司法确认，而应由环保部门依法处理。
涉及刑事犯罪的案件：
- 刑事犯罪侵犯社会秩序和公共安全，需由国家专门司法机关按照刑事诉讼程序处理，不能通过司法确认程序来确认犯罪行为的合法性或有效性。
- 例如，甲盗窃乙财物后，双方私下达成协议并申请司法确认，这种情况是不被允许的，应依法追究甲的刑事责任。
不属于人民法院受理范围或管辖的案件：
- 如果案件本身不属于法院应当受理的范畴，或者不属于收到申请的人民法院管辖，则无法进行司法确认。
- 例如，行政争议、仲裁事项、不属于法院管辖的纠纷等，都不能申请司法确认。
协议内容不明确、不具体或违法的案件：
- 司法确认旨在确认和保障当事人之间明确、具体的权利义务关系。如果协议内容模糊不清，缺乏具体履行标准和方式，或者违反法律强制性规定，法院将无法有效审查和确认。
- 例如，甲乙双方签订协议，约定甲为乙提供“适当的商业支持”，但具体内容、方式、时间等均不明确，此时申请司法确认，法院将不会受理。又如，甲与乙签订借款协议，约定年利率远超合法利率上限，这种违反法律强制性规定的协议也不能通过司法确认赋予法律效力。
损害第三人合法权益的协议：
- 协议的签订和履行应不损害第三人合法权益。如果协议涉及对第三人权益的侵害，其效力将受影响，不能进行司法确认。
- 例如，甲与乙签订协议，将甲从丙处租赁的房屋擅自转租给乙，且未经丙同意，该协议损害了丙的合法权益，因此不能申请司法确认。
适用其他特别程序的案件：
- 如公示催告程序、破产程序等，这些程序有其特定的法律规定和审理流程，与司法确认程序的性质和目的不符，因此不能进行司法确认。
综上所述，当事人在申请司法确认前，应仔细了解相关法律规定和程序要求，确保自己的申请符合条件和要求。对于不能进行司法确认的案件类型，应寻求其他合法的解决途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。