关于“行政合同中行政机关的权利是否有诉讼时效”这一问题，首先可以明确的是，行政合同中的行政行为确实受诉讼时效的限制。以下是对这一问题的详细解答：

1. 法律依据与基本原则：

   • 行政合同诉讼时效主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释确定。
   • 《行政诉讼法》第四十六条规定了行政诉讼的一般起诉期限，即公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
   • 行政合同诉讼时效遵循保护当事人合法权益、维护行政秩序稳定以及促进依法行政等原则。

2. 具体规定：

   • 一般起诉期限：根据《行政诉讼法》第四十六条，对于行政合同中的行政行为，当事人应当自知道或者应当知道该行政行为之日起六个月内提起诉讼。
   • 特殊情形下的起诉期限：如果当事人先向行政复议机关申请行政复议，对复议决定不服再向人民法院提起诉讼的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
   • 最长保护期限：因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。但这一规定在行政合同领域的应用需结合具体情况判断，因为行政合同往往涉及持续性的权利义务关系。

3. 实践中的注意事项：

   • 及时行使权利：当事人在发现行政机关在履行行政合同过程中存在违法行为时，应及时行使诉讼权利，避免错过起诉期限。
   • 保留证据：在提起行政诉讼前，当事人应尽可能收集并保留相关证据，以证明自己的主张和诉讼请求。

综上所述，行政合同中的行政行为是受到诉讼时效限制的。因此，当事人在面对行政机关的违法行为时，应及时咨询专业律师（如我），了解自己的权利和责任，并在规定的期限内提起诉讼以维护自己的合法权益。