在善意取得虚开发票被立案的情况下，税务部门有可能会联合银行冻结货款，但这不是必然结果，具体还需根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。

1. 税务部门可能的行动：

   • 当税务部门发现存在虚开发票的行为时，他们会进行调查。如果调查认为有必要，为了防止税款流失或确保后续处罚的执行，税务部门可能会申请法院对涉案企业的银行账户进行冻结，包括其中的货款。
   • 冻结货款通常是为了保障税收权益，确保在后续处理中能够追回可能流失的税款或罚款。

2. 银行的角色与配合：

   • 银行在收到税务部门或法院的冻结通知后，会按照法律程序执行冻结操作。银行本身不会主动因虚开发票而冻结账户，但会配合相关部门的调查和执行。

3. 善意取得的影响：

   • 如果企业能够证明自己是善意取得虚开发票，即不知情且没有故意参与虚开行为，那么在后续处理中可能会得到一定的从轻或免责处理。但这并不意味着货款一定不会被冻结，因为冻结是为了保障税收权益的一种临时措施。

4. 法律程序与救济途径：

   • 如果货款被冻结，企业可以通过法律程序提出异议或申请解冻。这需要企业提供充分的证据证明自己的善意和货款与虚开发票行为的无关性。
   • 同时，企业也可以积极与税务部门沟通，说明情况，争取更合理的处理方式。

综上所述，善意取得虚开发票被立案后，税务部门有可能会联合银行冻结货款，但具体结果还需根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。如果你面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解你的法律权益和应对策略。