关于公司双方相互抵消的业务处理，其核心在于双方是否能够通过协议达成债务的相互抵销，并确保该抵销行为在法律上的有效性。以下是针对这一问题的详细解答：

结论前置

公司双方可以依据《民法典》的相关规定，通过协商一致的方式，对双方互负的债务进行抵销，但需确保抵销的债务种类、品质相同，且不存在法律禁止抵销的情形。

详细解答

1. 法律依据：

   • 根据《民法典》第五百六十八条：“当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。”
   • 同时，《民法典》第五百六十九条还规定了债务抵销的通知方式及效力：“当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。”

2. 抵销的条件：

   • 债务种类、品质相同：这是抵销的基本前提，即双方互负的债务必须是同一性质的，如都是金钱债务或都是货物债务等。
   • 无禁止抵销的情形：法律、行政法规或当事人之间的约定可能规定某些债务不得抵销，如涉及国家利益、社会公共利益或第三人合法权益的债务等。

3. 抵销的程序：

   • 协商一致：双方应就抵销事宜进行协商，并达成一致意见。
   • 通知对方：主张抵销的一方应书面通知对方，通知中应明确抵销的债务范围、数额及抵销后的结果等。
   • 生效时间：抵销通知自到达对方时生效，即对方收到通知后，抵销即产生法律效力。

4. 抵销的效力：

   • 债务消灭：抵销生效后，双方互负的债务在抵销范围内消灭，无需再履行。
   • 权利义务终止：抵销导致双方基于原债务而产生的权利义务关系终止。

5. 注意事项：

   • 在进行债务抵销时，双方应仔细核对债务情况，确保抵销的债务真实、合法、有效。
   • 如双方对抵销事宜存在争议，应及时寻求法律途径解决，避免引发不必要的纠纷。

综上所述，公司双方相互抵消的业务处理需严格遵循《民法典》的相关规定，确保抵销行为的合法性、有效性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。