双方公司互有债务抵消的协议通常是有效的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 协议有效性概述：

   • 根据《民法典》的相关规定，如果当事人之间互负债务，且债务的标的物种类、品质相同，那么任何一方都有权将自己的债务与对方的到期债务进行抵销。
   • 债务抵消协议，作为一种法律文件，用于解决双方或多方之间存在的相互债权债务关系。通过协商，各方同意将各自的债权和债务进行等额或部分抵消，从而简化财务关系，避免繁琐的支付流程。

2. 债务抵消的条件：

   • 双方互负债务，即彼此都对对方有债务关系。
   • 债务的标的物种类、品质相同，例如都是金钱债务。
   • 债务均已到期，未到期的债务不能用于抵消。
   • 不属于依债的性质不能抵销的债务，如具有人身性质的债务（如赡养费）等。

3. 协议内容要点：

   • 债权债务抵消协议应明确列出协议主体，即甲方（债权人/债务人）和乙方（债权人/债务人）的详细信息。
   • 详细描述甲乙双方各自享有的债权和承担的债务，包括金额、事由等。
   • 明确双方同意将上述债权债务进行等额或部分抵消，并说明抵消后的结果。

4. 法律效力与后果：

   • 只要满足上述条件，双方签订的债务抵消协议通常就具备法律效力，能有效解决双方的债务问题。
   • 抵消协议生效后，双方基于特定事由产生的债权债务关系消灭，互不承担其他责任和义务。

5. 注意事项：

   • 在签订抵消协议前，双方应充分沟通、协商，并确保协议的合法性和有效性。
   • 如果抵消后存在剩余款项，双方应约定支付方式、时间和指定账户。
   • 如遇争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，可诉诸人民法院。

综上所述，双方公司互有债务抵消的协议在满足一定条件下是有效的，能够简化财务关系并避免繁琐的支付流程。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。