在协议中使用“本合同”与“本协议”在法律上并没有实质性的区别，两者都是指代当前正在讨论的这份合同。不过，从语言习惯和表达清晰性的角度来看，两者还是有一些细微的差别：

1. 语言习惯：在中文合同文本中，“本合同”更为常见，也更符合中文表达习惯。而“本协议”虽然同样有效，但在某些情境下可能显得稍微正式或书面化一些。

2. 表达清晰性：在合同文本中，为了避免混淆和误解，保持表述的一致性和清晰性是非常重要的。如果合同中同时使用了“本合同”和“本协议”，可能会让读者产生疑惑，不清楚两者是否指代同一份合同。因此，建议在合同中统一使用“本合同”或“本协议”，以确保表达的清晰和准确。

综上所述，无论是使用“本合同”还是“本协议”，在法律上都是有效的，关键在于保持合同文本的一致性和清晰性。如果你正在起草或审查合同，建议根据具体语境和表达需要来选择使用哪个表述，并确保在整个合同中保持一致。如果你有任何关于合同的具体问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。