针对“公司停车罚款是否违法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、法律依据

首先，要明确的是，罚款通常被视为一种行政处罚措施。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚应由具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织实施。由于公司并非行政机关，且未获得法律、法规的特别授权，因此，从法律层面上讲，公司并不具备直接对违规停车进行罚款的权力。

二、公司内部规章制度

然而，公司在管理员工时，通常会制定一系列的内部规章制度。这些规章制度如果经过民主程序制定（如通过职工代表大会或全体职工讨论），并且已经向员工公示或告知，那么它们对员工就具有约束力。在这些规章制度中，公司可以将违规停车列为违约情形，并规定相应的违约责任，如扣减绩效奖金、工资等。从合同违约的角度来看，公司在员工违规时采取这样的措施是具有一定合理性的。

三、罚款的合理性与管理

虽然公司可以依据内部规章制度对违规停车进行处理，但罚款的金额和方式必须合理，不能过高或显失公平。同时，公司收取的任何形式的“罚款”（实际上是违约金或扣款）应专款专用，如用于改善停车设施、维护停车秩序等，并确保公开透明，让员工了解资金的使用情况。

四、建议与最佳实践

1. 引导与教育为主：公司应更多地通过宣传、培训、设置警示标识等方式来提高员工的停车意识和遵守规则的自觉性。
2. 协商与沟通：在实施任何处理措施前，公司应与员工进行充分的沟通和协商，确保双方对处理结果有明确的了解和接受。
3. 合法合规：公司应确保内部规章制度的合法性和合理性，避免引发法律纠纷。

五、员工权益保护

如果公司存在不合理的“罚款”行为，员工有权要求公司返还该款项，并可以通过与公司协商解决、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，公司直接对违规停车进行罚款在大多数情况下是不合法的。但公司可以通过制定合法有效的内部规章制度，并经过民主程序制定且向员工公示后，将违规停车纳入违约情形并以扣减绩效奖金、工资等方式进行处理。同时，公司应确保处理措施的合理性和合法性，并注重引导和教育员工遵守停车规则。