专精特新企业认定申报代理是合法的。在实际操作中，企业选择代理机构进行专精特新企业认定申报是允许的，并且这种做法具有一定的合理性和优势。

1. 合法性依据：

   • 目前并没有法律法规明确禁止企业委托代理机构进行专精特新企业认定申报。
   • 代理机构作为专业的服务提供者，可以帮助企业更好地理解和准备申报材料，提高申报的成功率。

2. 选择代理机构的合理性：

   • 熟悉流程：代理机构对专精特新企业认定的申报流程、所需资料以及满足的条件都非常熟悉，能够确保企业在正常的时间周期内完成申报。
   • 节省时间与精力：企业委托代理机构进行申报，可以节省自身的时间和精力，专注于自身的核心业务，同时代理机构还能帮助企业提高申报效率。
   • 后续服务周到：代理机构不仅提供申报服务，还可以根据企业的发展阶段和需求，进行中长期的项目申报规划，帮助企业实现可持续发展。

3. 注意事项：

   • 企业在选择代理机构时，应确保其具备相关的资质和信誉，避免遭遇诈骗或服务质量不佳的情况。
   • 企业应与代理机构明确服务内容、费用以及责任等条款，签订正式的委托合同。

综上所述，专精特新企业认定申报代理是合法的，并且在实际操作中具有一定的合理性和优势。企业在选择代理机构时，应注意相关的事项，确保申报的顺利进行。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。