专精特新企业的认定单位是由工业和信息化部办公厅负责的。具体来说，根据工业和信息化部办公厅发布的关于专精特新“小巨人”企业认定和复核工作的通知，各省、自治区、直辖市及计划单列市、新疆生产建设兵团中小企业主管部门负责组织新申请专精特新“小巨人”企业的初核推荐和复核企业的推荐工作。这些省级中小企业主管部门会按照相关要求和流程，对企业进行审核并提出推荐意见，最终由工业和信息化部进行审核并实地抽查，形成专精特新“小巨人”企业名单。

因此，如果企业想要申请专精特新企业的认定，需要按照工业和信息化部办公厅发布的相关通知要求，通过线上填报与线下报送相结合的方式提交申请材料，并经过省级中小企业主管部门的初核推荐和工业和信息化部的审核认定。