发起仲裁后公司注销，您可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 主体变更：

   • 若存在承继原公司权利义务的主体，如合并后的新公司或分立后的相关公司，您可以向这些主体主张自己的权利。

2. 执行程序：

   • 仲裁裁决生效后，您可以向法院申请执行。法院会对公司的注销行为进行审查，若发现公司注销存在恶意逃避债务等情形，可能会裁定撤销注销登记，恢复公司的主体资格，以便继续执行裁决。

3. 财产追讨：

   • 积极查找公司的剩余财产，包括银行存款、固定资产等，并通过法律程序进行追讨。若公司在注销过程中未依法进行清算，您可要求清算组成员等承担相应的法律责任。

4. 股东责任：

   • 若公司股东存在出资不实、抽逃出资等情况，您可以依法追究其责任，让股东为公司债务承担相应后果。

综上所述，即使公司注销，您仍有多种途径可以维护自身合法权益。建议您及时采取措施，通过法律途径追讨相关权益，避免权益受损。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。