用人单位不能指定员工必须到三甲医院就诊或提交三甲医院的病假单。这一要求缺乏法律依据，并且随着医疗保险制度的建立及完善，医疗费用负担主体已经由用人单位转为社会保险体系中的医保基金，因此用人单位强行要求劳动者前往指定医院就诊的前提已不存在。

凡是经卫生行政主管部门核准具有资质的医疗机构，并由具有治疗、处方资质的医疗人员进行的诊疗行为，其合法性和权威性理应被确认。劳动者有权根据病情轻重缓急程度、便利情况、以往的病例治疗需要以及专业信任度来选择合适的医院就诊。用人单位虽然有权对存疑病假证明提出质疑，但不能剥夺劳动者选择医疗机构的自由。

在合法合规的前提下，用人单位应对劳动者进行精准管理，尊重劳动者的就医选择权，同时劳动者也应履行请假手续，依法享受病假待遇。这样才能达成人性化与制度化的良性结合。