要认定耕地取土被破坏，可以遵循以下步骤和原则来进行判断：
一、认定主体与程序
认定主体：
- 根据《自然资源违法行为立案查处工作规程》，耕地破坏程度的认定或鉴定通常由市（地）级或省级自然资源主管部门负责实施。
- 也可以委托具有法定资质的机构出具鉴定意见；若没有具有法定资质的机构，则可委托其他具备条件的机构出具鉴定意见。
申请与受理：
- 办案单位（如自然资源主管部门、综合行政执法部门等）在涉嫌非法占用耕地案件中，若需要对耕地破坏程度进行认定或鉴定，可向省级或市（地）级自然资源主管部门提出认定申请。
- 主管部门会根据实际情况会同相关部门出具行政认定意见，或委托鉴定机构提供司法鉴定意见。
二、认定标准
直接认定：
- 对于建筑物或构筑物已经形成、地基施工基本完毕、基坑已开挖或基础桩已基本完成施工等明显造成土壤耕作层破坏且不具有争议的情况，省级或市（地）级自然资源主管部门可以直接依据现场照片、录像等客观证据，或组织专家论证，认定耕地种植条件严重破坏。
委托鉴定：
- 对于耕地破坏程度有争议或涉及关键专门性问题的情况，应委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定，并提供司法鉴定意见。
具体破坏情形：
- 根据相关法律法规和司法解释，非法占用耕地并进行挖沙、采石、采矿、取土等活动，造成基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或严重污染的，即构成破坏耕地行为。
三、法律责任
- 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，非法占用耕地并改变其用途，数量较大且造成耕地大量毁坏的，将依法追究刑事责任。
- 具体量刑标准依据非法占用耕地的数量、破坏程度以及是否主动纠正违法行为并恢复耕地种植条件等因素来确定。
四、申请材料与鉴定流程
- 申请耕地破坏程度鉴定时，应提交包括耕地破坏程度鉴定申请、案件查处材料、耕地损毁程度鉴定技术报告等相关材料。
- 鉴定流程通常包括申请受理、组织专家论证、出具鉴定意见等环节。鉴定机构应在规定时间内出具耕地破坏程度鉴定意见。
综上所述，认定耕地取土被破坏需要综合考虑认定主体与程序、认定标准、法律责任以及申请材料与鉴定流程等多个方面。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和程序规定，确保认定结果的准确性和公正性。