专项债应该纳入政府性基金预算。这是根据新预算法的规定，地方政府发债只有“地方政府债券”一种形式，简称为地方债，其中分为一般债和专项债两种。一般债纳入公共财政预算，用于弥补赤字；而专项债则纳入政府性基金预算，主要是为公益性项目建设筹集资金。这样的管理方式有利于规范政府融资行为，推进地方债务显性化，防控地方政府融资风险，同时也保障了重点领域公益性项目的合理融资需求。