如果您在两家公司都有收入并且都进行了个税申报，您需要按照以下步骤来处理这种情况，以确保您的税务处理合规并避免不必要的麻烦：

首先，您需要核实两家公司是否确实为您申报了个税，以及申报的具体税种、税额和申报时间。这可以通过查询税务部门的官方网站或使用税务APP来完成。这一步是确保您后续处理准确性的基础。

其次，您需要了解个人所得税的相关政策。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税以所得人为纳税人，支付所得的单位为扣缴义务人。当您在两处取得收入时，两家公司都应代扣代缴个人所得税。但请注意，个人所得税的计税依据是您的全部收入，因此需要合并计税。

接下来，您需要选择并固定一个纳税申报单位。根据税法规定，当您从两处或两处以上取得工资、薪金所得时，应在取得所得的次月十五日内，选择并固定在一处任职受雇单位所在地的主管税务机关办理自行纳税申报。在申报时，您需要填制《个人所得税两处或两处以上工资、薪金所得纳税申报表》，详细列出各单位的收入和已扣税款。

在次年的3月1日至6月30日期间，您需要通过个人所得税APP或自然人电子税务局网页端进行年度汇算清缴。系统将自动汇总您在各地的综合所得收入、扣除等数据，并合并计算应纳税额。根据计算结果，您可能需要补税或可以申请退税。

如果两家公司对同一笔收入进行了重复申报，导致税务重叠，您应向税务机关申请退税，并提供相关证明材料。税务机关在核实后将按照税法规定处理您的退税申请。

最后，如果您对个税申报和缴纳有任何疑问，建议咨询专业的税务师或律师。他们可以根据您的具体情况提供专业建议和指导，确保您的个税合规缴纳。

通过以上步骤，您可以有效地处理在两家公司都申报个税的情况，确保遵守税收法规并维护自身权益。