一般纳税人购进免税苗木的抵扣问题，主要取决于所取得的发票类型以及相关的税务政策。

首先，如果一般纳税人购进的免税苗木取得了增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，那么可以按照发票或缴款书上注明的增值税额进行抵扣。

其次，如果一般纳税人从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票，那么可以按照发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额进行抵扣。这是根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)以及后续相关调整政策所规定的。

此外，如果一般纳税人取得的是农产品销售发票或收购发票，同样可以按照发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额进行抵扣。这里需要注意的是，销售发票是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。

总的来说，一般纳税人购进免税苗木是可以进行抵扣的，但具体抵扣方式和比例需要根据所取得的发票类型以及相关的税务政策来确定。在实际操作中，建议纳税人详细了解并遵循相关政策规定，以确保正确、合法地进行抵扣。如有疑问，可及时咨询主管税务机关或专业税务人员。