个人所得税房贷专项扣除只扣1000元的原因，主要是基于《个人所得税专项附加扣除暂行办法》的规定。根据这一规定，纳税人本人或者配偶单独或者共同使用商业银行或者住房公积金个人住房贷款为本人或者其配偶购买中国境内住房，且该住房为首套住房（享受首套住房贷款利率的住房贷款），在实际发生贷款利息的年度，可以按照每月1000元的标准定额扣除。这一扣除期限最长不超过240个月。

同时，也存在一种特殊情况，即夫妻双方婚前分别购买了首套住房，并且都发生了住房贷款利息支出。在这种情况下，婚后可以选择其中一套住房由购买方按扣除标准的100%进行扣除（即每月扣除1000元），或者夫妻双方对各自购买的住房分别按扣除标准的50%进行扣除（即每人每月扣除500元）。但需要注意的是，这种扣除方式需要夫妻双方协商一致，并在一个纳税年度内保持不变。

因此，个人所得税房贷专项扣除的金额并非固定为每月1000元或500元，而是根据纳税人的具体情况和扣除条件来确定的。如果纳税人对房贷专项附加扣除的具体操作或政策理解有疑问，建议咨询专业的税务人员或相关部门，以确保正确享受税收优惠。