公司在特定情况下可以知道个人所得税专项附加扣除金额。以下是对此问题的详细分析：

1. 员工授权情况下的知晓：

   • 当员工在个人所得税APP等官方平台上填报专项附加扣除信息，并选择“通过扣缴义务人申报”时，即意味着员工授权公司可以查看并使用这些信息。
   • 在此情况下，公司可以在税务申报系统中下载并更新员工的专项附加扣除信息，从而知晓具体的扣除金额。

2. 税务机关要求下的知晓：

   • 在某些特定情况下，如税务机关进行专项检查、核实或审计时，可能会要求公司提供相关员工的纳税信息，包括专项附加扣除部分。
   • 但此过程必须遵循合法合规的程序，且公司会严格遵守保密规定，仅在税务机关的合法要求下提供相关信息。

3. 隐私保护与公司责任：

   • 个人所得税专项附加扣除信息涉及员工的个人隐私，受法律严格保护。
   • 公司在处理这些信息时，必须严格遵守法律法规，尊重并保护员工的个人隐私。
   • 无论何种情况下获取到员工的专项附加扣除信息，公司都有义务对这些信息进行严格保密，不得随意泄露或使用。

综上所述，公司在员工授权或税务机关合法要求的情况下，可以知晓员工的个人所得税专项附加扣除金额。但公司必须严格遵守法律法规和隐私保护原则，确保员工的个人信息不被泄露或滥用。如果员工有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律解答和建议。