关于“90年代是否还有户籍底册”的问题，我们可以从以下几个方面进行推断和解答：

一、户籍底册的存在与重要性

户籍底册是公安机关在户籍管理过程中形成的历史记录，对于人口管理、社会治安等方面具有重要意义。它记录了人们的姓名、性别、民族、出生日期、常住户口地址等关键信息，是户籍管理的基础性资料。

二、90年代的户籍管理情况

1. 户口整顿与户籍管理加强：根据提供的参考信息，90年代初（如1990年），国家进行了户口整顿工作，这是人口普查的重要组成部分，也是加强户籍管理的一项重要措施。这表明当时对户籍管理的重视程度很高，户籍底册作为户籍管理的基础性资料，很可能得到了妥善的保管和存档。
2. 户籍档案的分类与保存：户籍档案包括户口簿册、相关文书存根联、户口审批材料等。这些材料在户籍管理过程中是不断产生和积累的，且具有重要的法律效应和历史价值。因此，公安机关会对其进行分类、整理和保存，以确保其完整性和可追溯性。

三、当前户籍档案查询的规定

从当前户籍档案查询的相关规定来看，如上海市公安局发布的《关于进一步规范户籍档案查询工作的通知》，明确了户籍档案的分类、查询受理范围以及材料受理要求等。这表明户籍档案在当今仍然具有重要的法律地位和管理价值，且得到了有效的管理和保护。

四、推断与结论

综上所述，我们可以合理推断，在90年代，户籍底册作为户籍管理的基础性资料，是存在且得到妥善保管的。虽然随着时间的推移，部分户籍底册可能因各种原因（如档案遗失、损坏等）无法完整保存至今，但仍有大量户籍底册被保存在公安机关或相关档案管理机构中，作为历史记录和法律依据。

因此，对于“90年代是否还有户籍底册”的问题，我们可以肯定地回答：90年代是存在户籍底册的，并且这些户籍底册在当今仍然具有重要的法律地位和管理价值。如果需要查询相关户籍信息，建议按照当地公安机关或档案管理机构的规定进行申请和查询。