个体户清税证明需要在主管税务机关开具。以下是具体的申请流程和注意事项：
一、申请条件
已实行“两证整合”登记模式的个体工商户，在向市场监督管理部门申请办理注销登记前，需要先向税务机关申报清税。清税完毕后，税务机关会向纳税人出具《清税证明》。
二、办理流程
纳税人需准备相关材料，并对材料的真实性和合法性承担责任。具体的所需材料可能因地区或政策差异而有所不同，建议咨询当地税务机关获取准确信息。
纳税人可以前往主管税务机关的办税服务厅提交清税申报，或者通过电子税务局的“清税注销税（费）申报及缴纳套餐”在线办理。
税务机关在收到申报后，会进行核查和检查。如果未发现涉嫌偷、逃、骗、抗税或虚开发票等情形，且纳税人的税务事项已全部结清，税务机关会在规定的时间内（增值税一般纳税人税务注销10个工作日内办结，增值税小规模纳税人和其他纳税人税务注销5个工作日内办结）出具《清税证明》。
三、注意事项
在办理清税申报前，纳税人需要确保自身的税务状态正常，如有欠税或未申报的情况，需先补报并缴纳税款。
如果纳税人使用电子税务局进行在线办理，需要确保电子签名的有效性，并与手写签名或盖章具有同等法律效力。
纳税人办理两证整合个体工商户清税申报时，无需向税务机关提出终止银税三方（委托）划缴协议。税务机关办结清税申报后，该协议会自动终止。
《清税证明》是办理个体工商户注销登记的重要文件，请妥善保管并及时提交给市场监督管理部门。
综上所述，个体户清税证明的开具需要在主管税务机关进行申报并办理相关手续。在办理过程中，请务必遵循相关规定和流程，并确保材料的真实性和合法性。如有任何疑问或困难，建议及时咨询当地税务机关以获取准确的帮助和指导。