当驾驶非本人车辆在高速公路上违规被扣12分时，应由实际驾驶者承担全部责任，并按照既定流程处理违章、扣分及缴纳罚款。以下是详细的处理步骤和建议：
一、确认违章信息
信息通知与核实：
- 交通管理部门会通过短信、交管APP（如“交管12123”）等方式通知车主车辆存在违章行为。
- 车主应及时查看违章详情，包括违章时间、地点、行为等信息，并与实际驾驶人确认情况，确保信息的准确性。
明确责任人：
- 根据《道路交通安全法》，交通违法行为的责任由实际驾驶者承担。
- 车主需与实际驾驶者保持有效沟通，确保后续处理流程的顺利进行。
二、处理违章与扣分
准备必要材料：
- 实际驾驶者需准备本人有效身份证、驾驶证以及车辆行驶证。
处理流程：
- 线下处理：前往当地交通违法处理窗口，确认违章事实并填写《交通违法行为处罚决定书》。随后，按照窗口工作人员的指示完成罚款缴纳。
- 线上处理：利用交管12123 APP等线上平台，绑定车辆后按照系统提示处理违章。确认违章事实后，可直接在线完成罚款缴纳。
扣分后果：
- 因高速公路违规被扣12分，驾驶者需在15日内参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习（即科目一），并通过考试以清除记分。
- 若驾驶人在实习期内，其驾驶资格将被注销，需重新报名驾校并通过所有科目考试以获得驾驶证。
- 对于持有大型客车、牵引车等特定类型驾驶证（A、B类）的驾驶者，在一个记分周期内记满12分，将注销其最高准驾车型驾驶资格，并需在三十日内办理降级换证业务。
三、加强与车主的沟通
- 保持透明：车主虽不直接承担责任，但与车主保持良好沟通是必要的，以便双方了解处理进展和结果，避免误会或纠纷。
- 共同关注行车安全：车主和实际驾驶者都应加强交通安全意识，遵守交通规则，确保行车安全。
四、总结与建议
- 责任明确：交通违法行为的责任归属清晰，由实际驾驶者承担全部责任。车主应协助实际驾驶者完成违章处理流程。
- 及时处理：违规后应尽快按照流程处理，以避免可能的滞纳金或其他不利后果。
- 预防为主：加强交通安全教育，提高驾驶者的法律意识和安全意识，是减少交通事故和违规行为的关键。车主和实际驾驶者都应自觉遵守交通规则，共同维护道路交通安全。