5000元个人所得税扣除数中不包含社保。在个人所得税的计算中，5000元是基本减除费用标准，也就是我们通常所说的个税起征点。这是指纳税人在计算应纳税所得额时，可以先扣除5000元的基本生活费用。

除了这5000元的基本减除费用外，纳税人还可以享受“三险一金”（即基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金）的专项扣除。这些扣除项目是在计算应纳税所得额之前进行的，也就是说，它们可以从纳税人的总收入中先行扣除，然后再根据剩余的收入来计算应缴纳的税款。

此外，从2019年开始，我国还实施了个人所得税专项附加扣除政策。这意味着纳税人在享受基本减除费用和“三险一金”扣除之外，还可以根据自身的实际情况，享受包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金以及赡养老人等6项专项附加扣除。这些扣除项目旨在进一步减轻纳税人的税收负担，使个税更加公平合理。

综上所述，5000元个人所得税扣除数中并不包含社保，而是指基本减除费用标准。纳税人在计算应纳税所得额时，应首先扣除这5000元，然后再根据“三险一金”和专项附加扣除政策进行进一步的扣除。