针对您提出的“生猪养殖没有办理设施农用地备案如何处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确设施农用地的性质和管理方式。设施农业用地，包括生猪养殖用地，属于农业内部结构调整，其性质仍属于农用地，按农用地管理。这类用地不需要办理农用地转用审批手续，但需要办理设施农用地备案手续。备案通常由乡镇政府负责，而上图入库则由自然资源部门负责。只有备案并上图入库的设施农用地，在管理上才会被认可。

对于未办理设施农用地备案的生猪养殖用地，处罚方式主要依据相关法规和政策进行。具体来说：

1. 责令限期完善手续：

   • 如果确实属于设施农业项目，但未办理设施农用地手续的，相关部门会责令当事人限期完善设施农用地手续。

2. 依法查处：

   • 如果拒不办理设施农用地手续，那么其附属设施用地、配套设施用地等改变农用地性质的部分，应当属于违法建设用地。依照《土地管理法》的有关规定，这类违法用地将会依法被查处。
   • 对于未改变农用地性质的部分，则不属于违法建设用地，不会受到处罚。

3. 特殊情况处理：

   • 如果已经办理了设施农用地使用手续，但其中附属设施用地、配套设施用地超过了规定的比例和面积标准，那么超过部分改变农用地性质的也属于违法建设用地，应当责令其限期改正，拒不改正的，也应当按照违法用地依法查处。
   • 另外，如果以设施农业项目建设为名擅自改变用途从事非农业建设占用土地的，同样属于违法建设用地，并会依据《土地管理法》的相关规定进行严肃查处。

此外，值得注意的是，不同地区的具体政策可能会有所不同。例如，在江苏省，根据《江苏省土地行政处罚裁量权实施办法》以及江苏省自然资源厅和江苏省农业农村厅的相关通知，对于符合设施农用地办理条件但未办理备案手续的，如果在规定期限内补办了备案手续，可以不予行政处罚。但如果拒不办理或不符合备案条件，则可能会按照《土地管理法》的相关规定进行处罚。

综上所述，生猪养殖没有办理设施农用地备案的处罚方式主要取决于具体情况和相关法规政策。因此，建议养殖户在建设生猪养殖设施前，务必了解并遵守当地的设施农用地备案政策，以避免不必要的法律风险和损失。