合作医疗与城乡基本医疗保险虽然都是我国社会保障体系中的医疗保障制度，但两者在多个方面存在显著差异。以下是对这两者的详细比较：

一、覆盖人群

• 合作医疗：主要面向农村居民，且必须以家庭为单位整户参加。这是专门针对农村居民的医疗保障制度，旨在解决农民因病致贫、因病返贫的问题。
• 城乡基本医疗保险：覆盖范围更广，包括农村居民（注：此处说明城乡居民医保实际上也覆盖了农村居民，但已整合了原新型农村合作医疗）和城镇非从业居民、在校学生、儿童等广大群体。它不分城乡，为各类居民提供医疗保障。

二、缴费方式

• 合作医疗：农民自愿参加，需每年办理参保缴费手续。其筹资方式采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式，其中政府资助占主导地位。
• 城乡基本医疗保险：实行个人缴费和政府补贴相结合的方式，通常按年缴费。对于城镇职工基本医疗保险，则由用人单位和职工共同缴纳，缴费额度与职工工资挂钩。

三、保障水平

• 合作医疗：报销比例相对较低，且主要侧重于大病统筹。乡镇卫生院报销比例较高，但县级及以上医疗机构报销比例相对较低。对于常见的慢性病和门诊费用的报销相对有限。
• 城乡基本医疗保险：保障水平和报销范围因类型而异。城镇职工基本医疗保险保障水平较高，报销比例总体在70%-90%左右，并设有个人账户用于支付门诊费用、购药等。城乡居民基本医疗保险虽然报销比例略低，但也能满足基本医疗需求。

四、管理部门

• 合作医疗：早期由卫生部门管理，现在仍由各级卫生健康部门所属的新型农村合作医疗管理机构负责管理和经办。
• 城乡基本医疗保险：统一由医疗保障部门管理，负责医保政策的宣传、参保登记、费用征收、医疗费用审核报销、定点医疗机构管理等工作。其统筹层次在不断提高，很多地区实现了市级统筹，部分省份还在推进省级统筹。

综上所述，合作医疗与城乡基本医疗保险在覆盖人群、缴费方式、保障水平以及管理部门等方面均存在显著差异。因此，在选择参保类型时，个人应根据自身实际情况和需求进行考虑。同时，随着医疗保障制度的不断完善和发展，个人也应关注相关政策的变化和调整，以便及时做出相应的调整和选择。