占用耕地的问题，主要由自然资源主管部门来管理。具体来说：

1. 自然资源主管部门的职责：

   • 依据《中华人民共和国土地管理法》，自然资源主管部门负责全国土地的管理和监督工作。对于未经批准非法占地、超过批准数量多占土地等行为，自然资源主管部门将责令退还土地，并根据土地利用总体规划的情况，采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施。

2. 农业农村主管部门的协同作用：

   • 农业农村主管部门在农村宅基地改革和管理方面发挥作用，特别是针对农村村民非法占用土地建住宅的情况，将协同自然资源主管部门进行处理。

3. 可能的其他部门参与：

   • 在某些情况下，如城市规划区内违反城乡规划占用土地，城市管理综合执法部门也可能参与管理。

综上所述，如果你发现有人占用耕地，可以向当地的自然资源主管部门举报，他们将根据相关法律法规进行调查处理。同时，农业农村主管部门等也会根据需要协同工作，共同维护土地管理秩序。