当商品房与安置房混合在一起时，确实可能带来一系列管理和权益方面的问题。为了妥善处理这种情况，您可以按照以下步骤进行：
一、明确产权归属
首先，要明确商品房和安置房的产权归属。商品房通常是通过合法的买卖交易获得的，具有完整的产权；而安置房的产权获取则依据具体的安置政策，可能存在一定的差异。因此，需要仔细核查每套房屋的产权登记资料，确保产权清晰明了。
二、梳理土地性质和规划用途
对于混合在一起的商品房和安置房，需要详细梳理土地性质和规划用途。查看相关的建设审批文件，确定不同房屋的属性界定。这有助于了解房屋所处的法律环境和规划要求，为后续的处理提供基础。
三、沟通与协商
与开发商、物业公司沟通：业主可以联合起来与开发商、物业公司等进行沟通协商，明确各自的权益和义务。针对管理差异、权益保障不同等问题，共同制定合理的管理规则，以保障小区的和谐稳定。
与相关部门沟通协调：如果发现存在混合问题影响居住权益或产权明晰，可以向当地住房和城乡建设部门、不动产登记机构等反映情况。请求这些部门依据法定职责进行调查核实，并给出解决方案。
四、依据法律法规保障权益
在处理过程中，应依据现行有效的房地产法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定等，来保障各方的合法权益。如果涉及纠纷，可以通过协商、调解或诉讼等合法途径来解决。
五、关注特殊情况
对于某些特殊情况，如回迁房的更名问题，需要具体分析。如果回迁房已取得房屋所有权证，且开发商同意配合办理更名手续，那么是可以进行更名的。但如果回迁房尚未取得房屋所有权证，更名可能会面临法律风险。因此，在处理这类问题时，需要谨慎对待，并咨询相关专业人士的意见。
综上所述，处理商品房与安置房混合在一起的问题需要综合考虑多个方面，包括产权归属、土地性质和规划用途、沟通与协商、法律法规保障以及特殊情况的处理等。通过这些措施的实施，可以确保商品房和安置房的产权清晰、居住秩序正常，维护各方的合法权益。