反洗钱内控制度中内部审计制度的主要目的是确保反洗钱工作的有效实施和合规性，通过独立的审计活动来评估和监督反洗钱内部控制体系的充分性、合规性和有效性。具体来说，这一制度旨在：

1. 发现和纠正问题：通过内部审计，可以及时发现反洗钱内部控制中存在的缺陷、漏洞或不合规行为，并促使相关部门及时采取措施进行纠正，从而防止洗钱活动的发生和蔓延。

2. 增强合规意识：内部审计制度的存在本身就对员工和管理层形成了一种约束和激励，促使他们更加重视反洗钱合规工作，增强合规意识和责任感。

3. 提升反洗钱效率：通过审计活动，可以对反洗钱内部控制体系的运行效率进行评估，发现存在的瓶颈和问题，并提出改进建议，从而提升反洗钱工作的整体效率。

4. 满足监管要求：许多国家和地区的反洗钱法律法规都要求金融机构建立有效的内部审计制度，以确保其反洗钱工作的合规性。因此，内部审计制度也是满足监管要求、避免法律处罚的重要手段。

综上所述，反洗钱内控制度中内部审计制度的主要目的是通过独立的审计活动来确保反洗钱工作的有效实施和合规性，为金融机构的稳健运营和社会的安全稳定提供有力保障。