在计算土地增值税或处理相关税务问题时，关于土地价款和契税的扣除问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、土地增值税与土地价款扣除

1. 土地增值税基本概念：

   • 土地增值税是对转让国有土地使用权及其附着物并取得收入的单位和个人征收的一种税。

2. 土地价款扣除：

   • 在计算土地增值税时，纳税人可以从转让房地产取得的收入中减除取得土地使用权所支付的金额，这通常包括以出让方式取得土地使用权时所支付的出让金。
   • 因此，土地出让金作为取得土地使用权所支付的直接费用，是可以在计算土地增值税时予以扣除的。

二、契税的性质与处理

1. 契税定义：

   • 契税是在土地、房屋权属发生转移时，对产权承受人征收的一种税费。

2. 契税与土地价款的关系：

   • 契税是基于土地出让金等交易行为而产生的税费，但它本身并不构成取得土地使用权所支付的金额的一部分。
   • 在计算土地增值税时，契税并不直接作为扣除项目，而是作为取得土地使用权过程中的一项税费支出单独处理。

三、政策依据与税法规定

• 根据《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》等相关规定，当期允许扣除的土地价款是指向政府、土地管理部门或受政府委托收取土地价款的单位直接支付的土地价款，并未将契税包含在内。
• 税法明确规定契税是作为一种独立的税种存在的，不直接计入土地价款中，也不作为土地增值税的扣除项目。

四、实际操作与应用

• 在实际操作中，纳税人在计算土地增值税时，应准确核算取得土地使用权所支付的金额，并确保这些费用符合税法规定的扣除条件。
• 同时，纳税人应注意契税虽然与土地出让金紧密相关，但并不直接作为土地增值税的扣除项目，应严格按照税法规定的相关扣除项目进行计算和申报。

综上所述，在计算土地增值税时，允许扣除的土地价款不包括契税。契税是作为一种独立的税种单独处理的，不直接计入土地价款中，也不作为土地增值税的扣除项目。纳税人在进行税务申报和筹划时，应严格遵守税法规定，确保各项费用的正确归类和扣除，以降低税务风险。