医疗机构发现甲类传染病时，应当立即采取一系列强制措施，以有效控制疫情的扩散。这些措施具体包括：
隔离治疗：
- 对病人和病原携带者，医疗机构必须予以隔离治疗，隔离期限需根据医学检查结果来确定。
- 对疑似病人，在确诊前也需在指定场所进行单独隔离治疗。
医学观察与预防措施：
- 医疗机构内的病人、病原携带者、疑似病人的密切接触者，需在指定场所进行医学观察，并采取其他必要的预防措施。
强制隔离治疗：
- 若病人或病原携带者拒绝隔离治疗，或隔离期未满擅自脱离隔离治疗，医疗机构可以请求公安机关协助，采取强制隔离治疗措施。
这些措施均依据《中华人民共和国传染病防治法》第三十九条的规定来执行，旨在确保甲类传染病得到有效控制，防止疫情进一步扩散。医疗机构在发现甲类传染病时，应严格遵循这些法律要求，确保公共卫生安全。