根据《中华人民共和国传染病防治法》，医疗机构发现甲类传染病时，应当立即采取以下措施：

1. 疫情报告：

   • 医疗机构作为责任报告单位，一旦发现甲类传染病病例或疑似病例，必须立即（2小时内）通过网络或最快的通讯方式向当地疾病预防控制机构报告。这一步骤是确保疫情得到及时、准确上报的关键，以便相关部门迅速响应，采取进一步的防控措施。

2. 隔离治疗：

   • 对甲类传染病患者和病原携带者，医疗机构应立即予以隔离治疗，隔离期限需根据医学检查结果确定。这是为了防止患者成为传染源，进一步扩散疫情。
   • 对拒绝隔离治疗或隔离期未满擅自脱离隔离治疗的患者，医疗机构可依法采取强制隔离治疗措施，必要时可请求公安机关协助。

3. 医学观察与密切接触者管理：

   • 医疗机构需对甲类传染病患者、病原携带者的密切接触者进行医学观察和采取必要的预防措施，以监测其健康状况并防止疫情扩散。

4. 防控与消杀措施：

   • 医疗机构应配合疾病预防控制机构，对疫点、疫区进行卫生处理，如消毒、杀虫、灭鼠等，以切断传播途径，防止疫情的传播和扩散。

5. 配合疫区封锁与检疫：

   • 在甲类传染病暴发、流行时，医疗机构应遵守县级以上地方人民政府宣布的疫区封锁和检疫措施，对出入疫区的人员、物资和交通工具实施卫生检疫。

6. 尸体处理（如适用）：

   • 对于因患甲类传染病而死亡的患者，其尸体应立即进行卫生处理，并就近火化，以防止病原体通过尸体传播。

综上所述，医疗机构在发现甲类传染病时，必须立即采取一系列严格的防控措施，包括疫情报告、隔离治疗、医学观察、防控与消杀、配合疫区封锁与检疫以及尸体处理等，以确保疫情得到有效控制，保护公众健康。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。