周末加班工时的计算方式主要依据员工的工作制度来确定，以下是详细的解答：

一、标准工时制下的周末加班工时计算

对于实行标准工时制的员工，周末加班属于休息日加班。在这种情况下：

• 加班工时：按实际加班的小时数计算。
• 加班费：用人单位应支付不低于工资的200%的工资报酬。例如，如果员工正常每小时工资为20元，周末加班1小时，则应获得40元加班报酬。

日工资和小时工资的具体计算方法如下：

• 日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（月计薪天数为21.75天）
• 小时工资 = 月工资收入 ÷ （月计薪天数 × 8小时）

二、综合计算工时制下的周末加班工时计算

对于实行综合计算工时制的员工，周末加班的工时会纳入综合计算的周期内一并统计。

• 加班工时：在综合计算周期内，总的工作时间超过法定标准工作时间的部分视为加班。
• 加班费：超出部分按照150%的标准支付加班工资；如果是法定节假日加班，则按300%支付。

三、不定时工作制下的周末加班工时计算

对于实行不定时工作制的员工，一般不存在周末加班的概念。

• 加班工时：通常不视为加班。
• 加班费：但如果在法定节假日工作，用人单位应按照相关规定支付加班工资，具体支付标准可能因单位与劳动者的约定及劳动行政部门的相关规定而异。

四、补休情况下的处理

无论员工实行哪种工作制度，如果用人单位在劳动者周末加班后为其安排了同等时间的补休，则无需支付该次加班的加班工资。

五、结论与建议

综上所述，周末加班工时的计算需根据员工的工作制度、月工资收入以及是否安排补休等因素综合确定。建议用人单位：

• 在制定加班政策时，明确加班工资的计算方式和标准，并确保符合相关法律法规的要求。
• 做好考勤记录，明确员工周末加班的时长，以便准确计算加班费。

同时，劳动者也应了解自己的权益，如遇加班工资计算不当的情况，可及时与用人单位沟通或向劳动行政部门投诉。