医疗保险断交三个月并不会导致个人账户和缴纳年限清零，但可能会影响医疗保险的即时使用。具体来说，医疗保险中断后，只要后续继续缴纳费用，个人账户和缴纳年限就不会被清零。然而，中断超过三个月，可能需要连续缴纳一定期限（如半年）后才能再次使用医疗保险。

此外，不同城市对于医疗保险中断和续保的规定可能有所不同。例如，深圳市的规定是，参保人在医疗保险年度内累计中断参保不超过3个月的，重新缴费后其中断前后的连续参保时间合并计算；超过3个月的，则重新计算连续缴费年限。

关于医保中断不补交的后果，主要会影响医疗保险待遇的享受。如果中断后没有及时补交，那么在中断期间产生的医疗费用可能无法报销。而且，新参保职工或者中断缴费一年以上重新参保的，需要连续缴纳满一年后才能按规定享受基本医疗保险待遇。

综上所述，医疗保险断交三个月并不会导致清零，但可能会影响医疗保险的使用和报销。因此，建议尽量保持医疗保险的连续缴纳，以避免不必要的麻烦和损失。如果确实出现了中断，也应尽快了解当地政策并按照规定进行续保或补交。