当员工把产品做报废时，公司应依据相关法律法规和内部规章制度，采取合法、合理且公正的处罚方式。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与公司制度

1. 法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因本人原因给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求员工赔偿。赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第四条也规定，涉及劳动者切身利益的规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，且需公示或告知劳动者。

2. 公司制度：

   • 公司应制定明确、合法、合理的规章制度，规范员工行为和产品处理流程。这些制度应作为处罚员工的依据，并确保员工知晓。

二、处罚方式的确定

1. 经济赔偿：

   • 对于因员工故意或重大过失导致的产品报废，公司可要求员工承担相应赔偿责任，赔偿金额应综合考虑产品成本、生产影响及补救成本等因素。
   • 赔偿可通过直接从工资中扣除的方式进行，但需遵守法律规定的扣除限额。

2. 绩效与职业发展影响：

   • 产品报废情况可纳入员工绩效考核，影响其绩效奖金和晋升机会。
   • 对于情节严重者，还可能影响其年度评优和职业发展。

3. 岗位调整与培训：

   • 针对技能不足导致产品报废的员工，公司可考虑调整其岗位或提供专项培训，以提升其业务水平。

4. 纪律处分：

   • 根据情节轻重，公司可给予员工口头警告、书面警告、降职、辞退等纪律处分。
   • 对于情节特别严重或故意违反规程的员工，可采取更严厉的处罚措施。

5. 法律责任：

   • 若员工行为涉嫌违法（如故意破坏、盗窃等），公司应报警处理，由公安机关依法调查处理。

三、处理流程

1. 调查核实：公司应客观、公正、全面地调查产品报废的原因、责任人及损失程度，并充分听取员工的陈述。
2. 确定责任与处罚：根据调查结果及法律法规、公司规章制度，确定员工的责任及处罚方式。
3. 告知与听取意见：向员工告知调查结果及拟处罚决定，并听取其意见与解释。对于员工的异议，应认真对待并进行复查核实。
4. 执行处罚决定：若员工无异议或经复查维持原处罚决定，则正式执行处罚。

四、预防与管理

• 公司应加强员工培训与管理，提高员工的质量意识和责任心。
• 定期审查并更新公司规章制度，确保其符合法律法规要求。
• 完善产品质量控制体系，降低产品报废率。

综上所述，公司在处理员工把产品做报废的问题时，应严格遵守法律法规和内部规章制度，采取合法、合理且公正的处罚方式。同时，注重预防与管理措施的落实，以减少类似事件的发生。