结论前置：辞退员工的赔偿应以应发工资为基数进行计算。

法律知识详解：

1. 工资支付规定：

   • 根据相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应确保在解除劳动关系时或之后的法定支付周期内，按时足额支付员工应得的工资。这里的工资指的是实发工资，即扣除社保、公积金个人部分及个人所得税等后的实际到手工资。这是为了保障员工在劳动关系解除后的合法权益，避免产生纠纷。

2. 经济补偿金计算：

   • 若因公司原因（如违法辞退）导致员工离职，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算通常基于员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
   • 关键在于经济补偿金中月工资的计算基础。《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。这是因为应发工资能更全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平，确保劳动者在离职时获得公正的经济补偿。

实际操作建议：

• 为避免后续纠纷，建议用人单位在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式，特别是月工资的计算基数。
• 用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
• 如果单位未按时足额支付或拒绝支付经济补偿金，员工有权向劳动监察大队投诉维权，甚至通过法律途径追讨。

综上所述，辞退员工的赔偿应以应发工资为基数进行计算，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。