发票抵扣勾选多了，可能会导致企业多缴税款或面临税务风险。具体来说：

1. 多缴税款：如果企业在税务申报时，将不应抵扣的发票进行了抵扣勾选，那么在实际缴纳税款时，可能会因为这部分多抵扣的金额而多缴税款。这不仅增加了企业的资金负担，还可能影响企业的资金流转和利润状况。

2. 税务风险：发票抵扣勾选多了还可能引发税务风险。税务部门在审核企业的税务申报时，如果发现企业存在多抵扣发票的情况，可能会认为企业存在偷税、逃税等违法行为，从而对企业进行税务稽查和处罚。这不仅会影响企业的声誉，还可能给企业带来严重的经济损失和法律后果。

因此，企业在处理发票抵扣问题时，应严格遵守税法规定，确保抵扣的发票符合税法要求，并避免多抵扣或错抵扣的情况。如果企业在实际操作中遇到任何问题或不确定的情况，应及时咨询专业税务人员或律师，以确保企业的税务合规性。