外经证个税申报的登录操作主要涉及到跨区域涉税事项的处理，以及通过自然人电子税务局进行申报。以下是详细的操作步骤：

首先，对于跨区域经营的企业或个体，需要向机构所在地的税务机关办理跨区域涉税事项报告，并向经营地主管税务机关进行报验以及办理其他涉税事项。待经营地主管税务机关认定个人所得税税种后，方可进行个税申报。

接下来，通过自然人电子税务局进行个税申报的具体步骤如下：

1. 查询税种认定信息：

   • 对于机构地在某些省份（如广东省内，不含深圳）的企业，可以通过电子税务局查询代扣代缴工资薪金所得个人所得税的认定信息。
   • 选择对应的经营地主管税务机关，点击“确定”进行查询。

2. 申报个人所得税：

   • 可以通过自然人电子税务局WEB端或扣缴端进行申报。
   • 在WEB端，选择“请选择为哪个单位办税”窗口中的对应单位（或报验主体），点击“办理个税业务”进入申报界面。
   • 在扣缴端，需要先下载并安装自然人电子税务局（扣缴端），然后初始化选择对应省份的扣缴单位版，注册后进入申报界面。

3. 进行个税申报：

   • 进入申报界面后，按照常规个税申报流程进行人员信息采集、专项附加扣除信息采集和综合所得申报。
   • 核对计税明细，确认无误后点击“提交申报”。

4. 税款缴纳：

   • 申报完成后，如果需要补缴税款，可以选择三方协议支付、银联在线支付、银行柜台支付或扫码支付等方式缴纳税款。
   • 如果存在应退税额，可以申请退税，选择退税银行卡后点击“确定”申请退税。

需要注意的是，不同地区的具体操作流程可能会有所不同，建议根据当地税务机关的要求和指引进行操作。同时，在申报过程中如遇到任何问题，可以及时联系税务机关或咨询专业人士以获取帮助。