合作医疗和社保是两种不同的医疗保障体系，它们之间存在一些明显的区别。以下是对这两者的详细比较：
一、形式与参与对象
合作医疗，也称为农村合作医疗，是由国家政策牵头，并由当地政府组织、引导的一种医疗保障体系。它主要面向农村户口的居民，农民可以自愿加入。
社保，即社会保险，是用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称。它涵盖了养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等多个方面，为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性福利保障。社保是面向所有单位和职工的。
二、享受待遇与保障期限
合作医疗的享受待遇与缴费情况紧密相关。参与者需要在当年缴费，次年才能享受新农合的医疗保障。如果未缴费，则无法享受相应的医疗待遇。
社保则不同，参保人在完成交费年限后，便可以终身享受相应的社会保障待遇。这意味着，只要满足了社保的缴费要求，就可以在未来的生活中持续获得保障。
三、保障力度与报销比例
合作医疗的基金由于是多方筹资的关系（包括政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费等），在保障力度上可能稍显不足。其报销比例和范围也因地区和政策的不同而有所差异。
社保则实行“低水平、广覆盖”的特点，一经参保，标准都是统一享受的。在报销比例上，社保通常会比合作医疗更高，尤其是在市级医院等高级别医疗机构治疗时。
四、缴费方式与费用承担
合作医疗的缴费方式主要以个人承担为主，国家会给予一定的补贴。各地的缴费标准不一，且每年都会在特定的时间收取费用。
社保的缴费方式则分为两种：一种是城镇职工社保，由单位和个人各承担一部分费用；另一种是城镇居民社保，由个人承担全部费用。社保的缴费标准和费用承担方式更加多样化和灵活。
五、其他区别与注意事项
社保中的医疗保险与合作医疗在报销上不能重复参加。即使同时交了这两份保险，报销时也只能选择其中一种方式。
社保卡和医保卡（医保码）不是一回事。社保卡是社会保障卡，用于人力资源和社会保障各项业务领域；而医保卡则是医疗保险个人账户专用卡，只能用来享受医保待遇。
对于是否交社保必须停新农合的问题，实际上并没有停交的要求。但从性价比的角度来看，由于社保本身就具有农村医保同样的报销功能，甚至还多了其他的保障功能（如养老、失业、生育以及工伤等），因此停交新农合可能更为划算。当然，如果辞职回老家或者需要转换保险类型时，也可以办理社保转移或重新交新农合。
综上所述，合作医疗和社保在形式、享受待遇、保障力度、缴费方式以及其他方面都存在明显的区别。在选择时，需要根据自己的实际情况和需求进行权衡和决策。