合作医疗并不等同于社保，它们之间存在明显的区别。以下是对这两者的详细解释：
一、形式与覆盖对象
合作医疗：由国家政策牵头，由当地政府组织、引导的一种医疗保障体系。它主要针对的是农村户口的居民，农民可以自愿加入。合作医疗是一种医疗互助互惠的保障形式，资金通常由政府补贴、村集体扶持和个人联合缴费组成。
社保：社保是用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。它覆盖所有单位和职工，为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的一种福利保障制度。
二、享受待遇与保障力度
合作医疗：享受待遇与缴费紧密相关，当年缴费，次年才能享受。保障力度上，由于资金是多方筹资，可能稍显不足。
社保：参保人完成交费年限后，可以终身享受相关待遇。社保实行“低水平、广覆盖”的特点，一经参保，标准统一享受，保障力度相对较强。
三、缴费方式
合作医疗：个人承担为主，国家会给予一定的补贴。缴费标准各地不一，且每年都会在特定的时间收取费用。
社保：分为城镇职工社保和城镇居民社保。城镇职工社保由单位和个人各承担一部分费用；城镇居民社保则由个人承担全部费用。
四、报销与兼容性
报销：根据相关政策规定，社保医疗保险和合作医疗不能重复参加。即使同时交了这两份保险，报销时也只能选择其中一种方式。一般来说，在农村乡镇医院看病，新农合报销比例可能高于社保；而在市级医院治疗，社保报销比例可能更高。
兼容性：交社保并不需要停交新农合，但报销时只能选择其中一项。从性价比和保障功能来看，停交新农合可能更为划算，因为社保不仅包含医疗报销功能，还提供了其他多种保障。
综上所述，合作医疗和社保是两种不同的医疗保障体系，它们各自有其特点和适用对象。在选择时，应根据自己的实际情况和需求进行权衡和决策。