土地使用税占用土地面积的计算方法主要依据纳税人实际占用土地的不同情况来确定，并需确保计算的准确性和合法性。以下是对不同情形下的详细计算方法及注意事项的阐述：
一、有土地使用证书的情况
土地面积已测定：
- 若纳税人持有政府相关部门核发的土地使用证书，且土地面积已经过省级人民政府确定的单位组织测定，则直接以测定的土地面积作为计税依据。
- 示例：若企业土地经测定为10000平方米，当地税率为每平方米X元，则年应缴税额为10000×X元。
土地面积未明确测定但证书有效：
- 若纳税人虽未经过省级人民政府确定的单位组织测定土地面积，但持有政府部门核发的有效土地使用证书，则以证书上注明的土地面积作为计税依据。
- 注意事项：确保土地使用证书的真实性和有效性，避免虚假申报。
二、无土地使用证书的情况
- 若纳税人因各种原因尚未取得政府部门核发的土地使用证书，则需据实申报土地面积，并由税务部门核实确定。
- 在未取得证书前，暂按申报面积计算税额；后续若土地面积经测定或核发证书后有所调整，则需对之前的纳税申报进行相应调整，并补缴或退还税款。
- 操作建议：在申报前，建议纳税人自行测量并保留相关测量记录，以便后续核实和调整。
三、特殊情况处理
- 对于纳税人实际占用面积与土地使用权证或其他证明文件所列面积不一致，或无土地使用权证等证明文件的情况，应由主管地方税务机关根据实际使用情况或相关证明材料来核定应纳税额或确定实际占用面积。
- 纳税人应积极配合税务机关的调查和核实工作，并提供必要的证明材料和解释说明。
四、特殊建筑用地的处理
单独建造的地下建筑用地：
- 暂按应征税款的50%征收城镇土地使用税。
- 土地面积确定方式：已取得地下土地使用权证的，按证载面积计算；未取得权证或权证未标明面积的，按地下建筑垂直投影面积计算。
与地上建筑物连为一体的地下建筑用地：
- 与地上部分视为一个整体，按照地上建筑物的有关规定计算征收城镇土地使用税。
- 土地面积按照地上房屋建筑实际占用的土地面积来确定。
多层建筑物：
- 若产权证上注明占地面积，则以此为准；若未注明，则按（拥有或使用的建筑面积/总建筑面积）×总占地面积的公式计算应税面积。
五、其他注意事项
- 政府组织测定优先：若土地面积由省级人民政府确定的单位组织测定，则以测定的面积为准。
- 不包含地面建筑物面积：土地使用证书上的土地面积通常不包含地面建筑物所占的面积。
- 关注当地税额标准：城镇土地使用税采用定额税率，具体税额标准根据城市规模、地区经济情况等因素有所不同，纳税人需关注当地的具体规定。
综上所述，纳税人在申报土地使用税时，应严格按照税法规定和相关证明材料确定计税面积，并确保税收的准确性和合法性。同时，也需关注当地税务机关的具体执行规定和税额标准，以便正确履行纳税义务。