增值税退税方式主要包括期末留抵税额退税（即留抵退税）。以下是对增值税退税方式的详细解释：
一、留抵退税的基本概念与条件
留抵退税是指纳税人可以在特定条件下，向主管税务机关申请退还增量留抵税额的制度。要申请留抵退税，纳税人需要同时满足以下条件：
- 自指定税款所属期起（如2019年4月税款所属期），连续六个月（或按季纳税的连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于一定金额（如50万元）。
- 纳税信用等级为A级或者B级。
- 申请退税前的一段时间内（如36个月）未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票等情形。
- 申请退税前的一段时间内（如36个月）未因偷税被税务机关处罚两次及以上。
- 自指定日期起（如2019年4月1日）未享受即征即退、先征后返（退）政策。
二、留抵退税的申请与办理流程
提交申请：纳税人应于符合留抵退税条件的次月起，在增值税纳税申报期内，完成本期增值税纳税申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。
审核处理：税务机关按照“窗口受理、内部流转、限时办结、窗口出件”的原则办理留抵退税。税务机关会对纳税人是否符合留抵退税条件、当期允许退还的增量留抵税额等进行审核确认，并将审核结果告知纳税人。
出具通知书：
- 如果纳税人符合留抵退税条件且不存在不予退税的情形，税务机关应自受理留抵退税申请之日起一定工作日内（如10个工作日）完成审核，并向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。
- 如果纳税人不符合留抵退税条件，税务机关同样会在规定时间内完成审核，并向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。
退税处理：纳税人应在收到税务机关准予留抵退税的《税务事项通知书》当期，以税务机关核准的允许退还的增量留抵税额冲减期末留抵税额，并在办理增值税纳税申报时相应填写相关栏目。
三、其他注意事项
- 纳税人在办理留抵退税期间如果发生特定情形（如纳税申报、稽查查补和评估调整等导致期末留抵税额发生变化），需要按照相关规定确定允许退还的增量留抵税额。
- 如果纳税人在同一申报期既申报免抵退税又申请办理留抵退税，或者存在尚未经税务机关核准的免抵退税应退税额，需要按照特定规则处理。
- 税务机关在办理留抵退税期间如果发现纳税人存在增值税涉税风险疑点等情形，可能会暂停或终止为其办理留抵退税。
综上所述，增值税退税方式主要以期末留抵税额退税为主，并且需要满足一定的条件和遵循特定的申请与办理流程。纳税人在申请退税时应仔细核对自身条件并准备相关材料以确保申请的顺利进行。