当您的机动车因违章被扣3分时，您可以按照以下步骤进行处理：

一、查询并确认违章信息

1. 查询方式：

   • 通过当地交通管理部门官方网站、手机APP（如交管12123）、微信公众号等渠道，输入车牌号、发动机后六位等信息，查询具体的违章记录和扣分详情。

2. 确认内容：

   • 核实违章时间、地点、行为等具体信息，确保无误。

二、了解扣分原因及后果

1. 常见扣分原因：

   • 违反禁令标志、禁止标线指示（如压线行驶、闯红灯）。
   • 不按规定车道行驶。
   • 超速驾驶未达规定比例。
   • 载人超过核定人数未达规定比例。
   • 驾车时拨打接听手持电话。
   • 在高速公路上行驶低于规定最低时速等。

2. 扣分后果：

   • 每个驾驶证在一个记分周期内共有12分，扣3分意味着剩余可用分数减少。
   • 若累计扣分达到或超过12分，将面临驾驶证暂扣、需参加科目一考试等处罚。

三、准备处理材料

• 携带驾驶证、行驶证。
• 如果是他人代办，还需提供代办人的身份证。

四、选择处理方式并缴纳罚款

1. 处理方式：

   • 交警大队窗口处理：前往当地交警大队，在窗口提交材料，工作人员会处理违章并开具处罚决定书。
   • 自助终端处理：利用交警大队、车管所或部分银行的自助终端设备，按照屏幕提示操作，插入相关证件，确认违章信息。
   • 线上处理：通过交管12123APP等电子平台，直接在线处理违章并缴纳罚款。

2. 缴纳罚款：

   • 根据违章记录或处罚决定书上的信息，确认应缴纳的罚款金额。
   • 在规定时间内（如15日内）完成罚款缴纳，以避免产生滞纳金或其他不良后果。

五、后续注意事项

1. 加强交通安全意识：分析违章原因，提高交通安全意识，避免再次发生类似违章行为。
2. 关注驾驶证状态：定期查看驾驶证的扣分情况，确保剩余分数充足。
3. 保留相关证据：在处理违章过程中，保留好相关证据，如违章记录截图、罚款缴纳凭证等。

按照上述步骤处理完毕后，您的机动车扣3分的问题将得到妥善解决。同时，也请您加强交通安全意识，遵守交通规则，确保行车安全。