扣了6分在12123（即交管12123APP）上面交罚款是可以的，但具体能否处理还需根据违章的具体情况和车辆性质来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下可以处理的情况

对于大多数非现场违章（例如电子眼抓拍），且罚款金额在200元及以下的，您可以在交管12123APP上自助处理，包括扣6分的情况。操作流程如下：

1. 登录交管12123APP，并绑定您的驾驶证和机动车。
2. 在“违法处理”业务中选择需要处理的违章记录。
3. 按照提示完成罚款缴纳。

二、特定情况下无法处理的情况

1. 现场违章：如果违章是由交警现场开具的罚单（例如违停被贴条），则您无法通过交管12123APP处理，而是需要前往指定的银行或交警大队缴纳罚款。
2. 罚款金额超过200元：虽然扣6分本身不影响在交管12123APP上的处理，但如果该违章行为的罚款金额超过200元，则您可能无法通过APP自助处理，而需要采取其他缴款方式。
3. 车辆或驾驶证异常：如果车辆未年检、存在盗抢嫌疑，或者驾驶证处于吊销、注销、停止使用、逾期未换证、逾期未审验、扣押、扣留、注销可恢复、暂扣、锁定、转出、记满12分等异常状态，您也无法通过交管12123APP处理违章。
4. 营运车辆等特殊类型：营运车辆的违章处理通常需要通过专门的渠道进行，无法在交管12123APP上自助处理。

三、特殊流程与规定

对于扣分在6分及以上的违章行为，您可能需要先到本地的交警队或行政综合处理大厅进行处理，并获取违法行为的通知单。之后，您可以再次登录交管12123APP，按照系统提示完成后续的违章处理和罚款缴纳。

综上所述，虽然交管12123平台提供了处理扣6分违章并缴纳罚款的功能，但具体能否处理还需根据您的违章情况和车辆性质来判断。在处理过程中，请务必遵守相关的流程和规定，以确保处理的合法性和有效性。如有任何疑问或困难，建议您及时咨询当地的交通管理部门或专业律师以获取更准确的指导。