用人单位拖欠员工工资三个月以上，将面临一系列严重的法律后果。以下是对此问题的详细解答：
民事责任：
- 员工有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门会责令用人单位限期支付工资，逾期不支付的，用人单位需按应付金额50%至100%的标准向员工加付赔偿金。
- 员工还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
刑事责任：
- 若用人单位通过转移财产、逃匿等方法逃避支付工资，或有能力支付而不支付，且数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，将构成拒不支付劳动报酬罪。
- 根据情节轻重，用人单位的直接负责主管人员和其他直接责任人员将被判处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；若造成严重后果，则将被处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
综上所述，用人单位拖欠员工工资三个月以上，不仅需承担民事责任，支付工资、赔偿金及经济补偿，还可能面临刑事责任，被追究拒不支付劳动报酬罪的刑事责任。因此，建议用人单位务必按时足额支付员工工资，避免承担不必要的法律责任。同时，员工在遭遇拖欠工资时，也应及时收集证据，通过合法途径维权。