已抵扣发票的撤销申请是一个需要谨慎处理的过程，具体步骤和注意事项如下：

撤销申请的前提

1. 时间要求：已抵扣发票的撤销申请通常应在发票认证后的次月申报期内向主管税务机关提出。
2. 发票合法性：确保发票的真实性和合法性，伪造、变造或非法取得的发票不能进行撤销申请。

撤销申请的具体步骤

一、未确认且未跨月的情况

1. 登录增值税发票综合服务平台。
2. 进入“发票勾选”功能模块，找到已勾选的发票。
3. 直接取消勾选，即去掉勾选的对号。

二、已确认但未跨月且所属期错误的情况

1. 在增值税发票综合服务平台上，找到并点击“回退税款所属期”功能。
2. 按照提示操作，回退到当期税款所属期。
3. 重新进行勾选确认操作。

三、已确认但未跨月且非所属期错误的情况

通常无法直接撤销勾选，需要联系主管税务机关进行处理。

四、跨月的情况

1. 联系主管税务机关，说明具体情况。
2. 根据税务机关的指引进行后续处理，可能涉及调整纳税申报等工作。

五、特殊情况处理（申报期内）

• 未完成申报：

  1. 登录增值税发票综合服务平台。
  2. 进入“抵扣勾选”模块，点击“抵扣勾选统计”。
  3. 点击“撤销统计”按钮。
  4. 撤销统计后，取消已勾选认证的发票，重新进行勾选、确认等操作。

• 已完成申报：

  1. 到主管税务机关办税服务厅办理申报更正，携带正确的纳税申报表及相关证明材料。
  2. 税务机关审核通过并完成申报更正后，按照上述“未完成申报”的步骤进行操作。

注意事项

1. 撤销申请的严肃性：撤销申请一旦提交，将无法撤回，因此提交前应仔细核对发票信息。
2. 税务影响：撤销申请可能会影响纳税人的应纳税额和税务筹划，应充分考虑其影响。
3. 审核未通过的处理：如果撤销申请未通过审核，可根据审核意见进行修改后重新提交，或向税务机关咨询。
4. 合规性：撤销已认证抵扣发票应确保有合理、合法的原因，并按照规定的程序和要求办理。

总之，已抵扣发票的撤销申请是一个复杂且需谨慎处理的过程，纳税人应根据具体情况确定操作流程，并确保操作的合规性和准确性。在遇到无法自行解决的问题时，应及时联系主管税务机关寻求帮助和指导。